Մոնղոլների ստեղծած հսկայածաւալ կայսրութիւնում գործում էին բազ­մա­թիւ քրիստոնէական եկեղեցիներ: Դրանց մէջ իրենց գոր­ծու­նէութեամբ կա­­րե­ւոր դեր էին կատարում քաղ­դէական-նեստո­րա­կան, կաթոլիկ եւ օրթո­դոքս (մելկիտ) եկե­ղե­ցիները: Հայոց եկեղեցին ուրոյն տեղ ունէր Մոնղոլական պե­­տու­­թեան մէջ գործող հոգեւոր-կրօնական ուղղութիւնների մէջ, ն­րա գոր­ծու­նէութիւնը ծաւալւում էր կայսրութեան գրեթէ ողջ տա­րածքի վրայ: Բա­ցի Ամենայն Հայոց կա­թո­ղի­կոսարանից, կայ­սրու­թեան սահմաններում եկեղե­ցին ներկայա­ցուած էր նաեւ Ա­ղուանքի եւ Աղթամարի կաթողիկոսու­թիւն­նե­րով եւ Սիւ­նիքի մետ­րապոլիտով: 

Հայոց եկեղեցու նուիրապետական հա­մա­կար­գում մէկից աւելի կա­թո­ղի­կոս­ների առկայութիւնը, մանաւանդ Աղ­թամարում եւ Աղուանքում սովորու­թիւն դարձած պա­րոն­տէ­րու­թեան իրաւունքով կաթողիկոսական աթոռի ժա­ռան­­գա­կա­նու­թեան սկզբունքն առաջացնում էր յաճախ եկե­ղե­ցու հոգեւոր ա­ռաջ­­նորդների ընդդիմութիւնը: Հայոց եկեղեցու գըլ­խա­ւոր նուի­րա­պետական ա­թոռ­­ների գահակալները հաստատւում էին մոն­­ղոլ­ներից ստացած հրովար­տա­կով: Ամենայն Հայոց կա­թո­ղի­կո­սա­րա­նի իշխանութիւնը տարածւում էր ոչ մի­այն Կիլիկիայի եւ Բուն Հա­յաս­տանի, այնպէս էլ Ղրիմի, Բալկանների, Փոքր Ա­սիա­­յի, Ասորիքի, Պա­ղեստինի, Միջագետքի, Եգիպտոսի եկեղեցական թե­մերի վրայ: Մոն­ղոլական շրջանում նկատւում է քրիստո­նէ­ա­կան եկեղեցաշինու­թեան ան­­­նախընթաց վերելք: